Avl

Genotyping og korrigering av slektskap

Med genotyping er det mulig å avdekke om slektskapet til far og eventuelt mor stemmer med det som er oppført i Kukontrollen.

Marte Holtsmark

Avlsforsker i Geno

marte.holtsmark@geno.no

Avl

Genotyping gjør at de fleste feil i slektskap kan rettes opp.

Foto: Turi Nordengen

Det gjør det i de fleste tilfellene, men for omkring tre prosent av de genotypa dyrene er det påvist feil far og/eller feil mor. For å bekrefte morskap er det mest sikkert om mor også er genotypet.

Slik oppstår feil slektskap i Kukontrollen:

Farskap fastsettes basert på innrapporterte inseminasjoner som gir normal drektighetslengde (280 dager +/- 15 dager). Dersom det er rapportert feil okse eller ku ved inseminasjon, drektighetslengden avviker eller lignende, kan dette forårsake feil farskap. I slike tilfeller er mor riktig og kan bekreftes dersom mor er genotypa.
Dersom to kalver er forvekslet i forbindelse med innrapportering av kalving eller merking er både mor og far til kalven feil. Dersom ikke mor er genotypet så vil dette i de fleste tilfeller avdekkes av Geno ved at de genetiske slektskapene til morfar, eventuelt mormor og mormorsfar er for lave.
Ved bruk av grønne GS-merker kan vevsprøven tas fra feil dyr eller forbyttes. Da vises både far og mor som feil. Dersom ikke mor er genotypet så kan Geno som oftest avdekke forbyttingen ved at de genetiske slektskapene til morfar, eventuelt mormor og mormor-far er for lave. Denne feilen kan ikke oppstå hvis øreprøven er tatt ut med elektronisk GS-merke (gult merke).

Hvordan sjekkes slektskap

Geno benytter seg av to metoder for å sjekke avstamningen på genotypede dyr.

I første testen sjekkes det om det er logisk mulig at et avkom kan ha arvet sine genetiske markører fra den registrerte forelderen. Denne testen krever at både avkom og forelder er genotypet, og danner grunnlaget for slektskapssjekken som vises i Geno avlsplan.
I den andre testen beregnes korrelasjonen mellom markørene til individet og dets far, mor, morfar, mormor og mormors far, der hvor de er genotypet. Dette gir et mål på det genetiske slektskapet mellom individet og den registrerte slektningen. De genetiske slektskapene til far og mor er per definisjon 0,5, mens de genetiske slektskapene til mormor, morfar varierer rundt 0,25 og til mormorsfar varierer rund 0,125. Det er flere måter man kan oppnå slektskap mellom to dyr på for eksempel 0,25. Et genetisk slektskap mellom et dyr og en okse på 0,25 kan derfor ikke brukes for å si at oksen er morfar til dyret, men det er et svært godt verktøy for å identifisere okser som ikke kan være morfar til dyret. Ved forbyttinger, hvor mor ikke er genotypet, så kan de genetiske slektskapene sammen med annen informasjon om besetningen (fødselsdato, merkedato og kalvinger i samme tidsrom) brukes for å prøve å identifisere hvilke dyr som er forbyttet.

Riktig eller feil slektskap vises i geno avlsplan

Figur 1. Visning av avstamningskontroll i Geno avlsplan på et genotypet dyr, hvor det bekreftes at far er riktig.

Figur 2. Visning av avstamningskontroll på et dyr, som viser at det er feil på avstamningen.

I Geno avlsplan vises det om slektskapet til far og eventuelt mor (hvis genotypet) er riktig. Dersom det er merket med en grønn avhuking er slektskapet bekreftet riktig (figur 1).

Dersom det er merket med et grått GS-tegn, er slektskapet feil (figur 2). Genetiske slektskap til morfar/mormor/mormorsfar vises ikke i Geno avlsplan.

Retting av slektskapsfeil

Kukontrollen er kildedata for avstamning på NRF-dyr. De fleste slektskapsfeilene er forårsaket av feilregistreringer i Kukontrollen. Retting av slike feil blir derfor gjort av Geno i Kukontrollen.

Feil type 1. far er feil og mor er riktig, og riktig far er en NRF eller viking rød seminokse:

Dersom et dyr har feil avstamning til far, og mor er genotypet og riktig, og vi ser at riktig far er en NRF seminokse, utfører Geno retting av far.
Dersom et dyr har avstamningsfeil til far, og mor ikke er genotypet, benyttes de genetiske slektskapene til morfar (eventuelt mormor) og mormors far for å vurdere om mor er riktig. Dersom disse indikerer at mor er riktig, og riktig far er en NRF seminokse, blir far rettet.

Feiltype 2. far og mor er feil, og dyret er genotypet på øreprøver tatt ut med elektroniske GS-merker:

Dersom et dyr ligger med avstamningsfeil til far og mor, og det er mulig å identifisere hvilke dyr som er forbyttet, så byttes avstamningen på dyra.
Dyret ligger med avstamningsfeil til far og mor ikke er genotypet, men de genetiske slektskapene til morfar/mormor viser at dyra er forbyttet. Dersom det er mulig å identifisere hvilke dyr som er forbyttet så rettes avstamningen på dyra.

Feiltype 3. dyret har avstamningsfeil til mor, men far er riktig:

Dette kan oppstå hvis to kalver med samme far er forbyttet.

Dersom kalvene er genotypet på elektronisk GS-merke blir avstamningen på kalvene rettet i Kukontrollen. Dersom dyret er genotypet på grønt GS-merke må man kontakte Geno for hjelp til å rette avstamningen (se feiltype 4, tredje kulepunkt).

Dersom mor er genotypet på grønt GS-merke og man i tillegg ser at mor har avstamningsfeil til sine foreldre, kan man ofte konkludere med at mor er genotypet på øreprøve fra et annet dyr. Retting av feilen innebærer som oftest re-genotyping av mor. Disse feilene prøver Geno å plukke opp fortløpende når de kommer til syne.

Feiltype 4. dyret er genotypet og ligger med avstamningsfeil som ikke blir rettet over tid:

Far er feil og mor er riktig, men riktig far er ikke en NRF seminokse.
Far er feil, og mor er ikke genotypet, og det er ikke mulig å verifisere om mor er riktig ut ifra genetiske slektskap til morfar evt. mormor.
Både far og mor er feil, og dyret er genotypet med grønt GS-merke. I disse tilfellene må det sendes informasjon til Geno om løpenummeret på det grønne GS-merket sammen med tilhørende opprinnelsesnummer, slik at det kan avklares om forbyttingen har skjedd ved uttak av øreprøve eller ved innmelding i Kukontrollen/merking før feilen kan rettes.

Dette karakteriseres som kompliserte avstamningsfeil og blir ikke rettet automatisk. I alle disse tilfellene må man sende informasjon om løpenummeret på det grønne GS-merket sammen med tilhørende opprinnelsesnummer, til marte.holtsmark@geno.no. Alternativt kan du sende bilde av gult og grønt merke med lesbare siffer. Det vil da bli gjort et forsøk på å rette feilen.

Hvor lang tid tar det?

De fleste enkle farskapsfeil vil bli rettet kort tid etter at dyret har fått GS-avlsverdi. Enkle forbyttinger av dyr som er genotypet på elektronisk GS-merke blir også rettet fortløpende, men dette er en litt mer tidkrevende prosess. Merknaden om avstamningsfeil i Geno avlsplan forsvinner da etter første påfølgende avlsverdiberegning. I noen tilfeller, kan det ta litt lengre tid. Avstamningsfeil som blir liggende mer enn 1,5-2 måneder etter at dyret har fått GS-avlsverdi er som oftest kompliserte.